O Núcleo de Inovação da Faculdade de Medicina de Itajubá é responsável por estabelecer as Políticas de Inovação da Instituição, identificando, incentivando e monitorando a execução de projetos inovadores com base na legislação e normas institucionais vigentes.

Para isso o Núcleo se divide em 3 eixos de atuação: inovação na gestão de saúde e empreendedorismo, inovação em educação, inovação tecnológica. Para cada um dos eixos descritos a seguir, um membro, professor da instituição será responsável pelo planejamento, fomento a outros projetos relacionados e execuções das ações.

Inovação na Gestão em Saúde e Empreendedorismo voltada a uma perspectiva de ações em gestão aplicadas no contexto dos serviços e profissionais de saúde, busca fomentar a discussão e a busca de conhecimento sobre o mercado de trabalho na saúde e suas áreas afins. Além disso, pretende criar uma cultura que estimule o pensamento crítico do futuro profissional e sua relação com o mercado. Pretende ainda fomentar as ações em empreendedorismo dos colaboradores e discentes.

Inovação na Educação, tende a acompanhar o atual momento da educação superior mais especificamente voltada as novas metodologias de trabalho na área da saúde. Uma vez que a instituição tem em sua constituição um currículo e um modo de trabalho a partir de metodologias ativas, tal eixo visa promover ações que implementem tais práticas em nível local, regional e nacional.

Inovação Tecnológica busca o fomento ao desenvolvimento de novos produtos ou processos na área da saúde, com base na aplicação sistemática e intensiva de conhecimentos científicos e tecnológicos. O eixo ainda orienta processos referentes à Propriedade Intelectual, visando a "proteção dos conhecimentos" e respectiva transferência ao setor produtivo.